《尼尔：机械纪元》的推出算是让玩家们再次感受到了横尾太郎的“恶意”，包括那个删除存档的E结局。在此前的采访中横尾太郎曾经表示《尼尔：机械纪元》还有“秘密”没有被发现。这个彩蛋如今终于被发现了，通过这个“最后的秘密”彩蛋玩家可以从游戏初期的首个Boss处直接跳到E结局。根据电玩迷(dianwanmi.com)编辑了解这个秘密是由MOD制作者“manfightdragon”发现的，同时横尾太郎也表示经过了三年终于有人发现了这个秘密。

对于这个彩蛋如何触发，《尼尔：机械纪元》最高难度斗技场纪录保持者TLRU进行了解答，玩家们可以在第一个Boss战结束后的同一场景中遭到两个油桶堆，在油桶堆中间按住DualShock4手柄的R2之后依次输入“↑↓↑→←□○△×”之后即可立刻进入E结局。不知道是不是由于本作也是由白金工作室制作的原因，这个隐藏彩蛋与《神奇101》中解锁隐藏角色“贝优妮塔”的按键完全相同。